Бактериобентос (ББ) – один из важнейших компонентов пресноводных экосистем. Его главная функция – минерализация органических веществ (ОВ). Значительная часть автохтонного и аллохтонного ОВ, не успевая разложиться в водной толще, осаждается на поверхности донных отложений (ДО), где происходит его деструкция (Д). Ведущую роль в этом процессе играют сложные бактериальные комплексы, состав которых зависит от типа водоемов и ряда физико-химических условий и отличается при этом устойчивостью и экологическим консерватизмом. При поступлении в ДО растворенного O[2] там преобладает аэробная минерализация ОВ с образованием нейтральных биогенных веществ. В бескислородных условиях протекают процессы анаэробной деструкции с выделением восстановленных соединений, токсичных для гидробионтов. Представлены данные многолетних микробиологических исследований донных отложений водохранилищ верхней Волги и притоков. Выявлены особенности изменений структурных и функциональных характеристик бактериобентоса на отдельных специфических участках в зависимости от комплекса физико-химических характеристик воды и грунтов от экологического состояния водоемов в целом.