Представлены результаты комплексных гидробиологических исследований разнотипных водоемов бассейна р. Большой Юган (Средняя Обь) на территории заповедника “Юганский″ и за ее пределами. Рассматриваются гидробиологические, ихтиологические, паразитологические материалы. Изучены видовой состав, распределение гидробионтов (впервые для бассейна приводятся списки видов альгофлоры и донных беспозвоночных), а также биомасса, численность организмов фитопланктона, зообентоса; биологические характеристики и паразитофауна рыб. Выявлено высокое видовое разнообразие и количественное обилие фитопланктона и зообентоса, особенно в глубоких проточных старицах. Паразитофауна рыб на территории бассейна относительно бедна на видами, отмечается высокая зараженность язя и ельца личинками описторха. Соотношение видов рыб зависит от типа водоема, в основном преобладают плотва и окунь. Нагульные скопления молоди в районе исследований сосредоточены в устьях притоков. Отмечены относительно высокие упитанность и темп роста рыб в проточных старицах, что свидетельствует о наиболее благоприятных условиях обитания. Показано значение разных притоков р. Большой Юган для зимовки рыб. Выделены типы водоемов на территории бассейна, которые необходимо охранять.